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La recherche actuelle sur le microbiote et les probiotiques

De nombreuses

Les Probiotiques.info : Comment étudie-t-on aujourd’hui les bactéries du microbiote ?

Gérard Corthier : On s’est aperçu récemment qu’il n’était pas possible de cultiver ces bactéries par les moyens classiques. 80 % ne sont en effet pas cultivables. Nous sommes donc obligés, pour analyser les bactéries qui nous habitent, d’avoir recours à des moyens génétiques. Nous séquençons l’ensemble des bactéries qui nous habitent, c’est ce que l’on appelle la métagénomique : un génome, c’est une bactérie, métagénome, c’est l’ensemble des génomes analysé sans avoir isolé chacune des entités.

Les Probiotiques.info : Qu’est-ce cette étude du génome bactérien, la métagénomique, nous enseigne ?

Gérard Corthier : On s’aperçoit que les fonctions bactériennes sont redondantes : des mêmes fonctions sont portées par des bactéries différentes, donc on a moins de fonctions qu’attendu, vu le nombre de bactéries. Cependant ces fonctions, révélées par l’étude du métagénome, sont très intéressantes en santé humaine.

Les Probiotiques.info : Quelles sont les évolutions récentes de la recherche sur le microbiote ?

Cristel Archambaud : Ce qui a vraiment explosé ces dernières années, c’est l’identification des bactéries qui sont présentes au niveau de l’intestin, l’analyse comparative au niveau des individus (points communs ou différences) et l’association de la composition du microbiote soit à des pathologies, soit des défauts. Nous sommes vraiment à une époque où on essaye de corréler des observations à des mécanismes bactériens. Par exemple, on recherche s’il y a un effet positif en prétraitant des souris avec des probiotiques et en les infectant ensuite avec une bactérie pathogène. Si on voit qu’il y a moins d’infections et moins de bactéries pathogènes dans les organes, on essaie de comprendre pourquoi : est-ce que l’hôte a été capable de mieux répondre à l’infection et d’activer très fortement son système immunitaire ? Ou, à l’inverse, est-ce que c’est lié à l’action du microbiote, qui a empêché le germe pathogène de coloniser les organes ? Ou y-a-t-il eu les deux effets ?

Les Probiotiques.info : Sur quels sujets travaillez-vous dans votre laboratoire ?

Cristel Archambaud : Dans ce laboratoire, nous étudions une bactérie appelée listeria monocytogenes, responsable d’une maladie appelée la listériose. L’infection survient par ingestion d’aliments contaminés. Il y a donc une phase critique au niveau intestinal avant la dissémination de la Pokies bactérie. On imagine que le microbiote, ou des bactéries probiotiques, pourraient interférer et empêcher cette bactérie de disséminer. Donc on utilise des modèles où on infecte, soit des cellules, soit des animaux (souris, rats) prétraités par ces candidats probiotiques. On observe ensuite s’ils résistent mieux à l’infection.

Philippe Langella : On travaille sur des bactéries probiotiques clairement identifiées et caractérisées. Ce que l’on cherche à connaître, c’est leur mécanisme d’action. Dans notre équipe, nous travaillons énormément sur des bactéries probiotiques présentant des propriétés anti-inflammatoires. Nous essayons de déterminer les gènes qui sont impliqués dans ces effets anti-inflammatoires.

Probiotiques.info : Comment avez-vous découvert la bactérie favorisant la maladie de Crohn (inflammation chronique de l’intestin se traduisant par des douleurs, des troubles du transit et exposant à diverses complications) ?

Philippe Langella : Nous sommes partis de données cliniques humaines : nous avons comparé le microbiote de patients atteints d’une maladie de Crohn qui ne guérissaient pas et nous avons constaté qu’il y avait une bactérie intestinale qui était en déficit.  Notre hypothèse a été : cette bactérie intestinale qui manque doit avoir des effets anti-inflammatoires. Nous avons donc isolé cette bactérie, nous l’avons testé dans différents modèles pour quantifier ces éventuels effets anti-inflammatoires. L’hypothèse s’est avérée exacte : cette souche bactérienne, appelée Faecalibacterium prausnitzii, est donc la première bactérie commensale anti-inflammatoire identifiée sur la base de données cliniques humaines.

Les Probiotiques.info : Comment pourra-t-on utiliser cette découverte ?

Philippe Langella : On cherche à exploiter cette bactérie commensale pour la santé humaine. Nous avons différentes pistes : on peut essayer de remonter la quantité de bactéries Faecalibacterium prausnitzii, en agissant sur l’alimentation, en donnant au patient soit des probiotiques, soit des prébiotiques. On a  une deuxième stratégie qui consiste à utiliser les Faecalibacterium prausnitzii comme des bactéries probiotiques, qui pourraient donc être introduites dans un complément alimentaire.

Les Probiotiques.info : Cette découverte ouvre-t-elle d’autres perspectives ?

Philippe Langella : C’est éventuellement d’identifier la ou les molécule(s) responsable(s) de ces effets anti-inflammatoires et d’utiliser ensuite ces molécules comme de nouveaux médicaments. Ce qui revient à considérer que le microbiote intestinal est à la fois source de nouvelles bactéries probiotiques, mais également source de nouvelles molécules bénéfiques.